Ekstera samula revizio de la RT-PCR-testo por la detekto de SARS-CoV-2 malkaŝas 10 esencajn sciencajn mankojn sur molekula kaj metodika nivelo: Konsekvencoj por falsaj pozitivaj rezultoj.

Kara leganto, hodiaŭ ni komencos per citaĵo de prof. Albert Einstein, (el radielsendo por United Jewish Appeal, la 11-an de aprilo 1943):

"La serĉado de vero kaj scio estas unu el la plej belaj aferoj, kiujn homo kapablas, eĉ se la fiero pri ĉi tiu serĉado estas plejparte sur la lipoj de tiuj, kiuj estas malplej plenigitaj de tiaj okupoj."

La mondo estas kun preskaŭ unu jaro Korona pandemio dungita. Tre multaj rimedoj estis prenitaj por kontroli la situacion. Ni ĉe la TDT-Scienca Tanka Teamo neniam traktis la temon pri la korona pandemio. La kialo estas sufiĉe simpla. Por formi sciencan opinion pri temo, vi bezonas sanan kaj respekteman disputon, precipe en scienco. Bonaj sciencistoj ĉiam faris tion. Se vi nur rigardas la historion de kvantuma fiziko kaj la diversajn legendajn vendettojn inter sciencistoj, vi lernas kiel scienco funkcias. Bedaŭrinde okazis en la nuntempo Krona krizo apenaŭ laca de taŭga disputo, ĝis nun.

Estas kompreneble, ke la bazo por diversaj rimedoj de registaroj estas la PCR-testoj reprezenti.

La verko publikigita komence de 2019: Detekto de 2019 nova koronaviruso (2019-nCoV) per realtempa RT-PCR - troveblas ĉi tie (https://www.eurosurveillance.org/content/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.3.2000045)

aŭtoroj:

Victor M Corman, Olfert Landt, Marco Kaiser, Richard Molenkamp4, Adam Meijer, Daniel KW Chu6, Tobias Bleicker1, Sebastian Brünink, Julia Schneider, Marie Luisa Schmidt1, Daphne GJC Mulders4, Bart L Haagmans, Bas van der Veer, Sharon van den Brink , Lisa Wijsman, Gabriel Goderski, Jean-Louis Romette, Joanna Ellis, Maria Zambon, Malik Peiris, Herman Goossens, Chantal Reusken, Marion PG Koopmans, Christian Drosten   

estas konata. Ĝi estis kaj ankoraŭ povas esti konsiderita la ĉefa ellasilo por la efektivigo de PCR-testoj.

Sen eniri la detalojn de la verko, ni ŝatus eniri unu Revizia raporto por atentigi:

Bildfonto: Pixabay

Ekstera samula revizio de la RTPCR-testo por detekti SARS-CoV-2 malkaŝas 10 gravajn sciencajn difektojn ĉe la molekula kaj metodika nivelo: konsekvencoj por falsaj pozitivaj rezultoj. - troveblas ĉi tie (https://cormandrostenreview.com/report/)      

Aŭtoroj:

Pieter Borger, Bobby Rajesh Malhotra, Michael Yeadon, Clare Crai, Kevin McKernan, Klaus Steger, Paul McSheehy, Lidiya Angelova, Fabio Franchi, Thomas Binder, Henrik Ullrich, Makoto Ohashi, Stefano Scoglio, Marjolein Doesburg-van Kleffens, Dorothea Gilbert, Rainer Klement, Ruth Schruefer, berbera W. Pieksma, Jan Bonte, Bruno H. Dalle Carbonare, Kevin P. Corbett, Ulrike Kämmerer             

      
La artikolo temas pri la traduko de la esencaj punktoj de la recenzo en la germanan: Fonto (https://cormandrostenreview.com/report/):

Ekstera samula revizio de la RT-PCR-testo por la detekto de SARS-CoV-2 malkaŝas 10 esencajn sciencajn mankojn sur molekula kaj metodika nivelo: Konsekvencoj por falsaj pozitivaj rezultoj.

En la eldonaĵo titolita "Detekto de 2019 nova koronaviruso (2019-nCoV) per realtempa RT-PCR"(Eurosurveillance 25 (8) 2020) la aŭtoroj provizas diagnozan laborfluon kaj protokolon RT-qPCR por la detekto kaj diagnozo de 2019-nCoV (nun konata kiel SARS-CoV2) kiun ili asertas validigita kaj provizas fortikan diagnozan metodaron por uzi en popolsanaj laboratorioj. Konsiderante la konsekvencojn de ĉi tiu eldonaĵo por mondaj socioj, grupo de sendependaj esploristoj faris punkt-post-punktan recenzon de la supra eldonaĵo, en kiu

1) ĉiuj eroj de la prezentita testodezajno estis transkontrolitaj,

2) la Rekomendoj pri protokolo RT-qPCR estis taksitaj pri bona laboratorio-praktiko

kaj

3) la parametroj estis ekzamenitaj uzante la koncernan sciencan literaturon sur la kampo.

Tio eldonis Protokolo RT-qPCR por la detekto kaj diagnozo de 2019-nCoV kaj la manuskripto havas multajn teknikajn kaj sciencajn erarojn, inkluzive de neadekvata enkonduka projekto, problema kaj neadekvata Protokolo RT-qPCR kaj la manko de ekzakto Testvalidigo. Nek la prezentita testo nek la manuskripto mem plenumas la postulojn por akceptebla scienca publikigo. Krome, gravaj intereskonfliktoj de la aŭtoroj ne estas menciitaj. Fine, la tre mallonga tempodaŭro inter submetiĝo kaj akcepto de la eldono (24 horoj) sugestas, ke estas sistema Samnivela procezo aŭ ne estis efektivigita ĉi tie aŭ havas probleman malbonan kvaliton. Ni donas konvinkajn pruvojn pri kelkaj sciencaj nesufiĉecoj, Difektoj kaj difektoj.

Konsiderante la ĉi tie prezentitajn sciencajn kaj metodikajn mankojn, ni certas, ke la redakcio de Eŭroservado ne havas alian elekton ol publikigi retiriĝi.

RESUMA KATALOGO DE KROMAROJ TROVITAJ EN LA PAPERO

das Corman-Drosten-papero enhavas la jenajn specifajn erarojn:

1. Ne estas specifita kialo por uzi ĉi tiujn ekstreme altajn koncentriĝojn de enkondukoj en ĉi tiu protokolo. La koncentriĝoj priskribitaj kondukas al pliigita nespecifa ligado kaj PCR-produktaj plifortigoj, kio igas la teston netaŭga kiel specifa diagnoza ilo por la detekto de la viruso SARS-CoV-2.

2. Ses nespecifitaj ŝanceliĝaj pozicioj rezultigas grandegan ŝanĝeblecon en la realmondaj laboratoriaj efektivigoj de ĉi tiu testo; la konfuza nespecifa priskribo en la papero Corman-Drosten ne taŭgas kiel norma labora protokolo, kio igas la teston netaŭga kiel specifa diagnoza ilo por identigi la viruson SARS-CoV-2.

3. La testo ne povas distingi inter la tuta viruso kaj virusaj fragmentoj. Sekve, la testo ne povas esti uzata kiel diagnoza ilo por nerompitaj (infektaj) virusoj, igante la teston netaŭga kiel specifa diagnoza ilo por identigi la viruson SARS-CoV-2 kaj permesi konkludojn pri la ĉeesto de infekto.

4. Diferenco de 10 ° C rilate al la temperatura temperaturo Tm por enkonduka paro 1 (RdRp_SARSr_F kaj RdRp_SARSr_R) ankaŭ maltaŭgas la teston kiel specifa diagnoza ilo por identigi la viruson SARS-CoV-2.

5. Fatala eraro estas la manko de Ct-valoro, ĉe kiu specimeno estas konsiderata pozitiva kaj negativa. Ĉi tiu Ct-valoro ankaŭ ne troviĝas en la postaj aplikoj, kio igas la teston netaŭga kiel specifa diagnoza ilo por detekti la viruson SARS-CoV-2.

6. La PCR-produktoj ne estis validigitaj ĉe la molekula nivelo. Ĉi tiu fakto malutiligas la protokolon kiel specifan diagnozan ilon por detekti la viruson SARS-CoV-2.

7. La PCR-testo ne enhavas unusencan pozitivan kontrolon por taksi ĝian specifecon por SARS-CoV-2, nek negativan kontrolon por ekskludi la ĉeeston de aliaj koronavirusoj, kio igas la teston specifa diagnoza ilo por identigi SARS-CoV-2 Viruso ne taŭgas.

8. La testodezajno en la papero Corman-Drosten estas tiel malpreciza kaj misa, ke oni povas iri laŭ dekoj da diversaj direktoj; nenio estas normigita kaj ne ekzistas SOP. Ĉi tio forte pridubas la sciencan validecon de la testo kaj igas ĝin netaŭga kiel specifa diagnoza ilo por identigi la viruson SARS-CoV-2.

9. Plej verŝajne la papero Corman-Drosten ne estis samrangata, kio faras la teston netaŭga kiel specifa diagnoza ilo por identigi la viruson SARS-CoV-2.

10. Ni trovas gravajn interesajn konfliktojn ĉe almenaŭ kvar aŭtoroj, krom la fakto, ke du el la aŭtoroj de la artikolo Corman-Drosten (Christian Drosten kaj Chantal Reusken) estas membroj de la redakcio de Eŭrosurvega. Interesa konflikto estis aldonita la 29an de julio 2020 (Olfert Landt estas Administra Direktoro de TIB-Molbiol; Marco Kaiser estas Ĉefesploristo ĉe GenExpress kaj funkcias kiel scienca konsilisto por TIB-Molbiol), kiu ne estis deklarita en la originala versio (kaj en PubMed-Versio ankoraŭ mankas); TIB-Molbiol estas la kompanio, kiu estis "la unua" produktanta PCR-ilarojn (Malpeza Miksaĵo) surbaze de la protokolo publikigita en la manuskripto Corman-Drosten kaj, laŭ siaj propraj vortoj, vendis ĉi tiujn PCR-testilojn eĉ antaŭ ol publikigi [20 ]; krome Victor Corman kaj Christian Drosten ne menciis sian duan apartenecon: la komerca testlaboratorio "Laborista Berlino". Ambaŭ respondecas pri virusaj diagnozoj tie [21] kaj la kompanio aktivas en la kampo de realtempaj PCR-testoj.

KONKLUDO

La decido pri tio, kiuj testoprotokoloj estos publikigitaj kaj faritaj ĝenerale alireblaj, estas en la manoj de Eŭroservo. Decido rekoni la erarojn evidentajn en la studo de Corman-Drosten havas la avantaĝon, ke la kostoj kaj suferoj de homoj estos tre minimumigitaj en la estonteco.
Ĉu ne interesas Eurosurveillance retiri ĉi tiun paperon? Nia konkludo estas klara. Donitaj ĉiuj teruraj PCR-protokolaj projektaj difektoj kaj difektoj ĉi tie priskribitaj, ni konkludas, ke ne restas multe da elekto en la kadro de scienca integreco kaj respondeco.

[1] Corman Victor M, Landt Olfert, Kaiser Marco, Molenkamp Richard, Meijer Adam, Chu Daniel KW, Bleicker Tobias, Brünink Sebastian, Schneider Julia, Schmidt Marie Luisa, Mulders Daphne GJC, Haagmans Bart L, van der Veer Bas, kamioneto den Brink Sharon, Wijsman Lisa, Goderski Gabriel, Romette Jean-Louis, Ellis Joanna, Zambon Maria, Peiris Malik, Goossens Herman, Reusken Chantal, Koopmans Marion PG, Drosten Christian. Malkaŝo de 2019 nova koronaviruso (2019-nCoV) per realtempa RT-PCR. Eŭro Surveill. 2020; 25 (3): pii = 2000045. https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.3.2000045

[2] Retpoŝta komunikado inter Dr. Peter Borger & Dr. Adam Meijer: Suplementa Materialo

[3] Jafaar et al., Correlation Between 3790 Quantitative Polymerase Chain Reaction - Positive Samples and Positive Cell Cultures, Inkluzive de 1941 Severa Akuta Spira Sindromo Koronaviruso 2 Izolaĵoj. https://academic.oup.com/cid/advance-article/doi/10.1093/cid/ciaa1491/5912603

[4] BBC, 21 januaro 2020: https://www.bbc.com/news/world-asia-china-51185836;
Arkivo: https://archive.is/0qRmZ

[5] Google Analytics - COVID19-mortoj tutmonde: https://bit.ly/3fndemJ
Arkivo: https://archive.is/PpqEE

[6] Laboratorio testanta pri COVID-19 Emergency Response Technical Center, NIVD sub
Ĉina CDC la 15-an de marto 2020: http://www.chinacdc.cn/en/COVID19/202003/P020200323390321297894.pdf

[7] Realtempa PCR-Manlibro-Vivaj Teknologioj: https://www.thermofisher.com/content/dam/LifeTech/global/Forms/PDF/real-time-pcr-
handbook.pdf Nolan T, Huggett J, Sanchez E. Bona praktika gvidilo por la apliko de kvanta PCR (qPCR) Unua Eldono 2013

[8] Trestan Pillonel et al, Letero al la redaktoro: SARS-CoV-2-detekto per realtempa RT-PCR: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7268274/

[9] Kurkela, Satu, kaj David WG Brown. "Molekul-diagnozaj teknikoj." Medicino 38.10
(2009): 535-540.

[10] Wolfel et al., Virologia takso de enhospitaligitaj pacientoj kun COVID-2019
https://www.nature.com/articles/s41586-020-2196-x

[11] Thermofischer Primer Dimer Web Tool: https://www.thermofisher.com/us/en/home/brands/thermo-scientific/molecular-biology/molecular-biology-learning-center/molecular-biology-resource-library /thermo-scientific-web-tools/multiple-primer-analyzer.html

[12] Primer-BLAST, NCBI - Nacia Centro por Bioteknologiaj Informoj: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/

[13] Marra MA, Steven JMJ, Caroline RA, Robert AH, Angela BW et al. (2003) Scienco. La Genoma sinsekvo de la SARS-rilata koronaviruso. Scienco 300 (5624): 1399-1404.

[14] Severa akuta spira sindromo koronaviruso 2 izolas Wuhan-Hu-1, kompletan genaron: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MN908947

[15] Borger P. SARS-simila Coronavirus estis atendita sed nenio estis farita por esti preparita. Ĉe J Biomed Sci Res 2020. https://biomedgrid.com/pdf/AJBSR.MS.ID.001312.pdf
https://www.researchgate.net/publication/341120750_A_SARS-like_Coronavirus_was_Expected_but_nothing_was_done_to_be_Prepared;  Arkivo: https://archive.is/i76Hu

[16] Eŭrosurvega papera pritakso / revizio: https://www.eurosurveillance.org/evaluation

[17] Oficiala rekomendo de la protokolo kaj manuskripto Corman-Drosten de la OMS, publikigita la 13an de januaro 2020 kiel versio 1.0 de la dokumento: https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/wuhan-virus -analizo-
v1991527e5122341d99287a1b17c111902.pdf; archive: https://bit.ly/3m3jXVH

[18] Oficiala OMS-rekomendo por la protokolo Corman / Drosten RT-qPCR, kiu rekte devenas de la Eurosurveillance-publikigado, dokumenta versio 2-1, publikigita en
17th January 2020: https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/protocol-v2-1.pdf?sfvrsn=a9ef618c_2

[19] Redakcia Komisiono pri Eŭrosekvenco, 2020: https://www.eurosurveillance.org/upload/site-assets/imgs/2020-09-Editorial%20Board%20PDF.pdf; Arkivo: https://bit.ly/2TqXBjX

[20] Instrukcioj por Uzo LightMix SarbecoV E-gene plus EAV Control, TIB-Molbiol & Roche Molecular Solutions, 11 januaro 2020: https://www.roche-as.es/lm_pdf/MDx_40-0776_96_Sarbeco-E-gene_V200204_09164154001 (1 ) .pdf
Arkivo, horstampo - 11 januaro 2020: https://archive.is/Vulo5;  Arkivo: https://bit.ly/3fm9bXH [21] Christian Drosten & Victor Corman, respondecaj pri virusaj diagnozoj ĉe Laborista Berlino:
https://www.laborberlin.com/fachbereiche/virologie/  Arkivo: https://archive.is/CDEUG

[22] Tom Jefferson, Elizabeth Spencer, Jon Brassey, Carl Heneghan Virus-kulturoj por COVID-19-infektotakso. Sistema recenzo. Sistema revizio doi: https://doi.org/10.1101/2020.08.04.20167932-XNUMX-XNUMX-XNUMX https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.08.04.20167932v4

[23] Kim et al., The Architecture of SARS-CoV-2 Transcriptome: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867420304062

[24] ECDC-respondo al Dr. Peter Borger, 18 novembro 2020: Suplementa Materialo

[25] Prof-ro Dr. Ulrike Kämmerer & teamo, enketo & Primer-BLAST-tablo